Afin de les aider dans la sélection des projets qui leur sont soumis, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement et l'Inserm font évaluer les projets de CJM par un Comité Scientifique nommé pour 4 ans. Actuellement le Comité Scientifique est placé sous la Présidence de Stéphane NOSELLI.

La composition du Comité Scientifique est la suivante : Yohanns BELLAICHE, Philippe GRANDCOLAS, Gaëlle LEGUBE, Catherine BOYEN, Laurence DROUARD, Stéphane NOSELLI et Laurent BLANCHOIN.

Chaque projet est confié à deux ou trois rapporteurs. Les résultats de l'évaluation sont communiqués directement à chaque responsable de projet par le Président du Comité Scientifique après approbation du classement des projets par les trois Instituts.