A la tête de chaque conférence se trouve un Président, qui est un scientifique de haut niveau assumant la responsabilité d'ensemble de la conférence. Le Président est assisté par un Vice-Président qui peut devenir Président d'une conférence ultérieure si la conférence obtient l'accord du Comité Scientifique et de CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement et Inserm pour son renouvellement. Le Président ou le Vice-Président exerce son activité dans un laboratoire français, l'autre dans un laboratoire européen hors de France.

Le Président est responsable de l'organisation scientifique, de la sélection des conférenciers invités et des autres participants, du financement, de l'équilibre du budget, de la promotion et du succès de la conférence. Avec l'aide du Vice-Président, il prépare le programme scientifique et le budget de la conférence dont une part importante est prise en charge par le CNRS et l'Inserm. Il fait appel au soutien financier d'autres organismes. Pour ces différentes tâches et pour l'organisation matérielle de la conférence, il bénéficie de l'aide du secrétariat d'organisation des CJM.

Après la conférence, le Président fait un rapport au Comité Scientifique des CJM, résumant les principales avancées scientifiques présentées durant la conférence, ainsi que les discussions. Il dégage, dans la mesure du possible, les axes scientifiques originaux à porter à la connaissance de CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement et Inserm. Le rapport du Président comprend un avis sur l'opportunité de renouveler la conférence.