CNRS Biologie procède par un appel d'offres, lancé chaque année en novembre. Tout scientifique intéressé par l’organisation d’une conférence Jacques Monod doit constituer un dossier. Le dossier doit être adressé par e-mail au secrétariat des CJM avant le 20 janvier pour une Conférence qui doit se tenir l'année suivante. Les dossiers sont examinés par le Comité Scientifique qui rend ses conclusions aux Instituts avant le 26 mars. Les Instituts rendent leur décision au Président du Comité Scientifique avant le 30 avril.