Les CJM se déroulent dans les installations du CNRS du site de Roscoff (Bretagne), site prévu pour une audience de 80 à 115 personnes. Exceptionnellement, un autre site en France peut être choisi par le Président, sous réserve de justification et d'accord de CNRS Biologie.

La durée d'une conférence est de trois jours et demi.

L'organisation des séances est laissée à l'initiative du Président. La formule adoptée doit permettre à tous les participants de s'exprimer oralement ou par voie d'affiche (dans ce cas, un temps convenable doit être consacré à la discussion des affiches). Le programme peut comprendre par exemple des présentations invitées de 20 à 30 minutes et une ou deux conférences plus longues. Il doit être assez souple pour permettre la présentation de découvertes nouvelles faites après l'établissement du programme prévisionnel. Enfin, il doit réserver un peu de temps pour des discussions informelles qui favoriseront des collaborations ultérieures.

Les présentations doivent porter sur des travaux récents non encore publiés ou en cours de publication. L'enregistrement et les photographies sont interdits mais la publication de comptes-rendus est autorisée, sauf avis contraire de la part d'un conférencier. Les conférenciers invités, comme les participants sélectionnés, s'engagent à être présents pendant toute la durée de la conférence à laquelle ils participent.